Usługi i ekspertyzy IBB PAN

Pracownia Analiz Mikromacierzy Wydziału Biologii UW oraz Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN

Pracownia Analiz Mikromacierzy jest wyposażona w najnowszej generacji sprzęt firmy Affymetrix: piec do hybrydyzacji (GeneChip Hybridization Oven 640), dwie stacje płuczące (GeneChip Fluidics Station 450) oraz skaner (GeneChip Scanner 3000). Laboratorium dysponuje również sprzętem do oceny ilości i jakości kwasów nukleinowych: bioanalizatorem firmy Agilent (Agilent 2100 Bioanalyzer) oraz spektrofotometrem (NanoDrop Spectrophotometr ND-1000).

Pracownia oferuje:
- globalną analizę stanu aktywności transkrypcyjnej do dziesiątków tysięcy genów jednocześnie,
- analizę polimorfizmów pojedynczych nukelotydów (SNP),
- badania nierównowagi sprzężeń (ang. linkage disequilibrium);
- kompleksowe badania związków SNPs z fenotypem (ang. whole-genome association studies),
- analizę zmienności liczby kopii (CNV)
- specjalistyczną analizę otrzymanych wyników z wykorzystaniem publicznie dostępnego oprogramowania oraz programu „PARTEK” zalecanego przez firmę Affymetrix..

Pracownia dysponuje gotowymi mikromacierzami dla ponad 25 gatunków, w tym człowieka, myszy, szczura, Arabidopsis i drożdży.
Pracownia Analiz Mikromacierzy jest laboratorium referencyjnym, jej pracownicy odbyli specjalistyczne szkolenia w zakresie analizy transkryptomu oraz analiz SNP.

Pracownia Analiz Mikromacierzy Wydziału Biologii UW oraz Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN powstała w ramach projektu: Rozbudowa Laboratorium Projektowania Molekularnego oraz Zastosowań Genomiki i Proteomiki w Centrum Doskonałości BioExploratorium. Projekt jest współfinansowany przez Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego.
Kontakt: corelab@ibb.waw.pl
www.microarrays.pl

Pracownia Sekwencjonowania DNA Syntezy Oligonukleotydów Oligo.

Pracownia Sekwencjonowania DNA i Syntezy Oligonukleotydów powstała w 1991 roku. Od 1999 roku Pracownia Oligo świadczy usługi komercyjne podmiotom zewnętrznym. Kilkunastoletnia działalność pozwoliła na zdobycie ogromnego doświadczenie w dziedzinie genetyki klasycznej i molekularnej. Usługi Oligo są wysoko oceniane za czas ich realizacji, jakość wyników, oraz konkurencyjne ceny.

Posiadana aparatura:
ABI3730 Genetic Analyzer - 48 kapilar - firmy Applied Biosystems
ABI3730/xl Genetic Analyzer - 96 kapilar - firmy Applied Biosystems
Genome Sequencer GS FLX firmy Roche

Oligo oferuje:
- Sekwencjonowanie DNA z oczyszczonych matryc przy użyciu standardowych staterów lub z wykorzystaniem zaprojektowanych primerów
- Oczyszczanie plazmidów i sekwencjonowanie DNA z kultur bakteryjnych.
- Kompletne projekty sekwencjonowania DNA (sekwencjonowanie obu nici DNA i ustalenie konsensusu sekwencji z jakością wymagana przez bazy danych. Usługa zawiera izolację DNA, wybór strategii sekwencjonowania, wybór oraz syntezę starterów, składanie sekwencji w pojedynczy kontig, ewentualne porównanie uzyskanej sekwencji z bazą danych bądź sekwencją dostarczoną przez klienta.
- Synteza oligonukletydów standardowych oraz modyfikowanych.
Kontakt:
www.oligo.pl

Środowiskowe Laboratorium Spektrometrii Mas

Środowiskowe Laboratorium Spektrometrii Mas poza prowadzeniem badań naukowych naukową oferuje szereg również szereg usług świadczonych komercyjnie:
- pomiar masy cząsteczek biologicznych,
- określenie składu peptydowego
- identyfikacja i lokalizacja modyfikacji potranslacyjnych
- ilościowe oznaczanie związków organicznych w próbkach biologicznych
Od grudnia 2010 r. zakres działalności laboratorium został rozszerzony o analizy małych cząsteczek na potrzeby badań kryminalistycznych, metabolomiki i analizy ilościowej leków i ich metabolitów w próbkach biologicznych.
Laboratorium jest wyposażone w najbardziej zaawansowane spektrometry dostępne na rynku oraz platformy obliczeniowe, które gwarantują wykonanie analizy w ciągu 5 dni roboczych.
Kontakt: ms@ibb.waw.pl
http://mslab-ibb.pl

Środowiskowe Laboratorium NMR

Środowiskowe Laboratorium NMR wyposażone jest w dwa spektrometry 400MHz oraz 500MHz. Podstawowym celem pracy Laboratorium jest badanie struktury i dynamiki białek i peptydów w roztworze. Ponadto Laboratorium NMR wykonuje badania komercyjne w z zakresu:
- Charakterystyki małych cząsteczek,
- Wyznaczania trójwymiarowej struktury białka w roztworze
- Dynamiki białek
- Mapowania białko-białko, miejsca interakcji
- Określania zmian w konformacji białek
Osoba do kontaktu: Prof. Dr hab. A. Ejchart - aejchart@ibb.waw.pl; Dr hab. J. Wójcik - jacekw@ibb.waw.pl

Pracownia Syntezy Peptydów Zakładu Biofizyki

Pracownia Syntezy Peptydów działa w obrębie Zakładu Biofizyki.
Pracownia świadczy usługi:
- syntezy peptydów liniowych,
- syntezy bibliotek peptydowych
- przygotowania żywicy
- syntezy peptydomimetyków
Możliwie jest również wykonanie modyfikowanych peptydów.
Wszystkie peptydy są oczyszczane przy pomocy wysokociśnieniowej chromatografii cieczowej i analizowane za pomocą technik spektrometriii mas.
Osoba do kontaktu: dr Arkadiusz Bonna – abonna@ibb.waw.pl
www.ibb.waw.pl/~peptides

Serwis Bakulowirusa

Serwis Bakulowirusa oferuje produkcję rekombinowanych białek w systemie owadzim. System bakulowirusa jest wydajnym eukariotycznym systemem ekspresji pozwalającym na uzyskanie do 100 mg białka w 1 litrze hodowli. Nadprodukowane w tym systemie białka wykazują aktywność biologiczną porównywalną z białkami natywnymi.
W ramach usług świadczonych przez Serwis Bakulowirusa mieści się: klonowanie genu do wektora pośredniego, produkcja i amplifikacja zrekombinowanego bakulowirusa, testy nadprodukcji oraz przygotowanie komórek nadprodukujących białko. Dla białek klonowanych z etykietką histydynową, dodatkowo istnieje możliwość oczyszczania białka Można zamawiać zarówno całą procedurę otrzymywania i oczyszczania zrekombinowanego białka jak również jej poszczególne etapy.
Osoba do kontaktu: dr hab. Ewa Szołajska – ewasz@ibb.waw.pl
www.ibb.waw.pl/~baculo/

Pracownia Mikroskopii Konfokalnej I Fluorescencyjnej

Pracownia oferuje:
- Przetwarzanie i analizę obrazów
- Pomoc i doradztwo w zakresie korzystania ze sprzętu
Osoba do kontaktu: dr Anna Anielska-Mazur– aam@ibb.waw.pl;
www.ibb.waw.pl/en/services/laboratory-confocal-and-fluorescence-microscopy

Kolekcja Szczepów "COLIBB"

Bank posiada kolekcję ponad 9000 różnych plazmidów, szczepów bakterii, bakteriofagów oraz drożdży dostępnych zarówno dla naukowców z IBB jak i spoza Instytutu.
http://kolekcja.ibb.waw.pl

Mikromacierze fenotypu - globalna analiza fenotypu komórkowego (system Omnilog)

Pracownia Biochemii Drobnoustrojów oprócz prowadzenia badań naukowych oferuje testy na Mikromacierzach fenotypu systemu Biolog jako usługi świadczone komercyjnie. Mikromacierze fenotypu (Phenotype MicroArrays) stanowią obok proteomiki i mikromacierzy DNA trzecią technologię, stosowaną do wysokoprzepustowych (HTS) badań genomu oraz w poszukiwaniu nowych leków. Dzięki zintegrowanemu systemowi testów komórkowych, oprzyrządowania i oprogramowania do analiz, Mikromacierze fenotypu pozwalają na jednoczesny ilościowy pomiar tysięcy fenotypów komórkowych.

Przy pomocy sytemu Biolog oferujemy badania pozwalające na pośredni lub bezpośredni sposób monitorować min. następujące parametry funkcjonowania komórek: